Кисты таких размеров как вы описываете не опасны. Опасно если они начинают быстро расти или воспаляются или способствуют артериальной гипертензии. Померяйте артериальное давление - если оно повышено. то дообследуйтесь (общие анализы крови и мочи, мочевина, креатинин, общий белок, холестерин крови) и вместе с врачом определитесь с антигипертензивной терапией. Ваши головные боли вполне могут быть связаны с повышенным артериальным давлением. Томографию в данном случае делать не обязательно, а размеры кист в почках нужно контролировать по УЗИ 1 раз в 3 месяца.