Дисбактериоз лечится бактериофагами, например, интестибактериофаг, после него бифидум и лактобактерин, а причина температуры очень часто вирусная инфекция,недолеченное горлышко посмотрите,долечите антибиотиками, растительными препаратами имупрет,витамин С,например, зубы здесь нипричем, часто может присоединяться ферментативная недостаточность, что дает понос,нужен мезим, креон, но это опять же надо с педиатром обсуждать, сдать дополнительные анализы бакпосев,капрограмму