Лечение стволовыми клетками - это трансплантация. При неправильном подборе донора при трансплантации гемопоэтических стволовых клеток, например, может возникнуть т.н. реакция "трансплантат против хозяина", когда введенные клетки начинают "отторгать" клетки принявшего организма. В литературе описаны редкие случаи аллергических реакций, судорог после трансплантаций клеток, однако причины этих осложнений, скорее всего, не связаны с самими клетками: нежелательные реакции возникали из-за примесей компонентов среды для заморзки, культивирования этих клеток.